Los clones de Omega Supreme/Lugnut creados por Megatron han aterrizado en la Tierra y parece que será un desastre. Los Autobots tienen múltiples problemas en sus manos. Uno, los clones. Dos, Arcee y Omega Supreme todavía están en la Luna. Podrán los Autobots rescatar a sus camaradas en la Luna, desactivando los 3 clones y finalmente venciendo a los Decepticons?
Los fans de la serie animada que conocieron a Starscream en los 80's fueron inmediatamente atraidos por su astuta y engañosa personalidad. A pesar de ser posiblemente el miembro de mayor rango de los Decepticons, después de Megatron, Starscream siempre quiso tomar el primer puesto, y no hace el esfuerzo de ocultarlo. Pero la serie original nunca intentó explicar por qué Starscream estaba detrás del poder ni por qué Megatron lo mantuvo a pesar de eso. La historia precuela de War For Cybertron se presta perfectamente para dar contenido a estas motivaciones.
La primera misión de la campaña Decepticon hará una crónica de la primera reunión entre Megatron y Starscream a bordo de una estación espacial que orbita alrededor de Cybertron. Este dramático encuentro culminará en uno de los Decepticons desertando sólo para ser sustituido por un ansioso Starscream. A pesar de asociarse con los Decepticons, Starscream dejará claro que en su mente tanto Megatron como Optimus Prime fallan en mantener los mejores intereses de todos en Cybertron.
Como uno de los pocos Transformers que puede transformarse en un jet, Starscream también tendrá la habilidad especial de "Flotar" en forma de robot. Su otra habilidad especial "Onda de Choque", parece que será perfecta para el manejo de grandes grupos de enemigos.
Megatron tiene a Arcee y a Omega Supreme y está refugiado en la Luna. ¿Qué planes tiene Megatron? ¿Tienen que ver algo con la Tierra, o los Autobots que están estacionados ahí? Puede Shockwave extraer de Arcee los códigos de activación y convertir a Omega Supreme contra los Autobots?
Aunque Optimus es un poderoso y respetado Transformer al inicio de la guerra por Cybertron, él todavía no es el líder de los Autobots. Luego de un devastador ataque Decepticon a su ciudad natal de Iacon, Optimus es forzado a ascender y ayudar a guiar a su gente a la victoria, donde sea que se de.
En forma de robot, el arma principal de Optimus es el Ion Blaster, un arma especial que es totalmente única. Su modo vehículo, por otra parte, es similar al camión que todos conocemos, pero realmente opera como un tanque Cybertroniano. Sus habilidades especiales incluyen "Grito de Guerra" y "Marca de objetivos". Aunque no estamos enteramente seguros de qué son, suenan como que podrían estar enfocadas en ayudar a aliados en vez de ayudar a asaltos de gran escala.
Como el líder de los Decepticons, Megatron tiene una meta que los aficionados a las series animadas conocen bien: ganar el control de Cybertron para su facción y exterminar a los Autobots. A través de War for Cybertron, el buscará los medios para alcanzar la meta, una misteriosa sustancia llamada como "Energón Oscuro".
Solo en caso que la actitud de Megatron no imponga lo suficiente, su prescencia debería. Su brazo derecho completo está cubierto por un cañón fusión gigante, una poderosa arma única en su clase, que puede destruir una cuadra completa con un solo disparo. El poder estará visible a través de War For Cybertron mientras Megatron lanza poderosos ataques contra sus enemigos, incluyendo un brutal saqueo a la ciudad base de los Autobots, Iacon.
Aunque Megatron recompensará grandemente la lealtad, también no tiene problema con destruir a seguidores el mismos segundo que lo dejan. Como tal, tiene la habilidad de "Marca de Objetivos" (una habilidad que comparte con Optimus Prime) pero además la egoísta habilidad de "Drenar", que presumiblemente le permite tomar el poder de sus enemigos y usarla como combustible para sí mismo. Cuando se cambia a modo vehículo, Megatron se transforma en un poderoso tanque en el cual pone también su poderoso cañón fusión.
